提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
澳门免核检“通关”首日录得近4万人次入境旅客******
中新社澳门1月9日电 (记者李亚南)澳门特区政府旅游局9日发布消息称,澳门于8日录得近4万人次入境旅客,近乎2022年最高单日(4.1万)人次的水平,也是“618”疫情至今的最高单日入境旅客纪录,加上连串新春节庆盛事活动,预计旅客数字将持续上扬。
8日为澳门免核酸检测“通关”首日。据介绍,当日访澳门旅客录得39606人次,较2022年日均上升153.5%。当中,内地旅客录得32860人次,较去年日均增加134.9%;香港旅客录得5630人次,较去年日均飙升298.6%。
在刚过去的一星期(1月1日至7日)共录得143926旅客人次,日均旅客有20561人次。
春节期间,旅游局将呈献一连串精彩贺岁活动,包括年初一(1月22日)的金龙巡游喜迎新春,年初三及初七(1月24日及28日)分别在中区及北区呈献的“兔跃盛世欢乐春节2023年农历新年花车汇演”;年初三、初七及元宵节晚上的烟花表演。此外,其他特区政府部门、旅游业界及民间团体亦将举办不同活动庆祝农历新年,为居民及旅客带来多元节日体验。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)